Как устанавливать пакеты R

Перевод. Оригинал по ссылке.

Одна из причин, по которой R стал столь популярным, это широкий выбор пакетов, доступных в репозиториях CRAN и bioconductor. В последние несколько лет число пакетов росло экспоненциально!

Этот короткий пост – пошаговая инструкция по установке пакетов для R. Предположим, вам нужно установить пакет ggplot2. Проще простого! Запускаем R и набираем:

> install.packages(“ggplot2”)

Теоретически, пакет должен установиться, однако:

  • Если вы пользуетесь системой Linux без прав доступа root, эта команда не сработает.
  • Вас могут попросить выбрать локальное зеркало, то есть сервер, который будет использоваться для загрузки пакета.

Установка пакетов без root-доступа

Для начала вам нужно задать папку, в которой будут храниться скачанные пакеты. У меня это папка /data/Rpackages/ . Когда директория создана, для установки используем команду:

> install.packages(“ggplot2”, lib=”/data/Rpackages/”)
> library(ggplot2, lib.loc=”/data/Rpackages/”) 

Необходимость постоянно писать /data/Rpackages/ может раздражать. Чтобы решить проблему, создадим файл .Renviron в домашнем каталоге, и пропишем там строку R_LIBS=/data/Rpackages/ . Таким образом, при запуске R путь /data/Rpackages/ будет добавляться в список возможных путей для поиска пакетов, и простые команды

> install.packages(“ggplot2”)
> library(ggplot2)

будут работать!

Выбор репозитория

Каждый раз при установке пакета R, вам нужно ответить на вопрос о выборе репозитория. Чтобы задать репозиторий по умолчанию:

  • Создайте файл .Rprofile в домашнем каталоге
  • Добавьте следующий кусок кода в файл:
cat(".Rprofile: Setting UK repositoryn")
r = getOption("repos") # hard code the UK repo for CRAN
r["CRAN"] = "http://cran.uk.r-project.org"
options(repos = r)
rm(r)

Добавить комментарий

Ваш адрес email не будет опубликован. Обязательные поля помечены *